Το Μαραθονήσι ή νησί της χελώνας βρίσκεται απέναντι από τη Λίμνη Κεριού, στον κόλπο του Λαγανά. Δεν είναι ενιαίο νησί αλλά περιλαμβάνει δύο ακόμη μικρά νησάκια που ονομάζονται Ποντικονήσια. Η περίμετρός του είναι μόλις ένα μίλι περίπου και προσεγγίζεται με καραβάκι από τη Λίμνη Κεριού ή τον Λαγανά.
Οι επισκέπτες πρέπει να είναι πολύ προσεκτικοί κατά τη διάρκεια της παραμονής τους στο Μαραθονήσι γιατί είναι τόπος αναπαραγωγής για τις θαλάσσιες χελώνες Καρέτα Καρέτα. Γι’ αυτό δεν επιτρέπεται στους επισκέπτες να εξερευνήσουν το νησί, αλλά πρέπει να μείνουν μόνο στα πρώτα 5 μέτρα της παραλίας για να μην βλάψουν τις φωλιές των θαλάσσιων χελωνών, γι’ αυτό και το Μαραθονήσι περιλαμβάνεται στο Θαλάσσιο Πάρκο Ζακύνθου. Επιπλέον, ένα άλλο είδος που κινδυνεύει με εξαφάνιση, η φώκια Μονάχους Μονάχους πηγαίνει εκεί για να ξεκουραστεί και να αναπαραχθεί.
Το Μαραθονήσι δεν κατοικείται και διατηρεί σε άριστες συνθήκες τα χαρακτηριστικά δάση πεύκου, ελιάς και δρυός. Έχει παντού πυκνή βλάστηση και δύο υπέροχες παραλίες, η μία με βότσαλο και η άλλη με λευκή άμμο. Η πρώτη είναι ιδανική για κολύμβηση με αναπνευστήρα και εξερεύνηση αφού στα δεξιά της υπάρχουν δύο μεγάλες θαλάσσιες σπηλιές στις οποίες μπορούν να μπουν και μικρά σκάφη. Ανάμεσα στις σπηλιές σχηματίζονται μικρές αμμουδιές, ονειρεμένες για κολύμπι. Η αμμώδης παραλία βρίσκεται στο μπροστινό μέρος του νησιού, με θέα στην παραλία του Λαγανά. Μια γλώσσα άμμου εισχωρεί στη θάλασσα και είναι ιδανική για χαλάρωση, ηλιοθεραπεία και κολύμπι. Το νησάκι Μαραθονήσι είναι εντελώς παρθένο. Δεν υπάρχουν τουριστικές εγκαταστάσεις στο νησί επομένως φροντίστε να έχετε μαζί σας νερό και άλλες προμήθειες. Απαγορεύεται ο ελλιμενισμός και η διανυκτέρευση στο νησί.